Odsjek za arheologiju djeluje unutar Odjela stručnih i muzejskih poslova Arheološkog muzeja Istre. Obuhvaća Prapovijesnu, Antičku, Srednjovjekovnu, Novovjekovnu i Numizmatičku zbirku te Zbirku podvodne arheologije. Primarna zadaća Odsjeka uključuje istraživanje, prikupljanje, čuvanje i očuvanje muzejske građe, vođenje i digitalizaciju dokumentacije te redovitu reviziju fundusa. Bogatu muzejsku građu čine arheološki predmeti prikupljeni tijekom brojnih sustavnih i zaštitnih istraživanja provedenih diljem Istre.
Odsjek provodi i obavlja arheološka istraživanja: sustavna, zaštitna i probna iskopavanja, arheološke nadzore te druge vrste terenskih pregleda, poput rekognosciranja i reambulacije. Aktivnosti se provode na području cijele Istarske županije – kako na kopnu, tako i u podmorju.
Odsjek organizira i izložbe, predavanja, konferencije i stručne skupove te sudjeluje na znanstvenim i stručnim događanjima. Bavi se i znanstveno-istraživačkim radom te pripremom popularnih, stručnih i znanstvenih publikacija.
Arheolozi unutar Odsjeka proučavaju građu iz prapovijesnog, antičkog, srednjovjekovnog i novovjekovnog razdoblja, a značajan dio rada posvećen je numizmatičkim nalazima te podvodnim arheološkim otkrićima iz istarskog akvatorija. Svojim radom nastavljaju višedesetljetnu tradiciju istraživanja istarskog prostora, istodobno razvijajući nove pristupe u zaštiti i interpretaciji arheološke baštine.
Odsjek za arheologiju važan je nositelj istraživanja, zaštite i predstavljanja bogate baštine Istre, čuvajući materijalne tragove prošlosti i omogućujući njihovu dostupnost sadašnjim i budućim naraštajima.
