Già il primo Museo Civico del 1902 sentì la necessità di pulire, stabilizzare, assemblare e integrare i reperti. Molti oggetti conservati nel museo furono trattati in quel periodo, con i metodi e i prodotti allora in uso. Non si sa chi fossero le persone che lavoravano sui materiali, ma probabilmente si trattava di profili diversi, da operai, archeologi, storici fino allo stesso custode del museo. Durante l'amministrazione austriaca, i restauri più complessi venivano eseguiti a Vienna.
Il Dipartimento di restauro, popolarmente chiamato "laboratorio", fu fondato nella seconda metà del XX secolo, in particolare per le esigenze dell'allestimento della nuova mostra permanente del Museo Archeologico dell'Istria nel 1968 e nel 1973.
La denominazione Dipartimento per i lavori di conservazione e restauro è stata definita nel 2024. Tuttavia, indipendentemente dalle denominazioni ufficiali e non, il dipartimento si è sempre occupato del trattamento del materiale archeologico che arriva regolarmente da varie località.
Il materiale, appena arrivato al museo, viene lavato, smistato, asciugato e imballato. La conservazione e il restauro sono il passo successivo, quando i frammenti vengono esaminati dettagliatamente, puliti, consolidati, assemblati in un'unica entità e le parti mancanti, quando possibile, vengono integrate.
I materiali più comuni nel dipartimento sono ceramica, vetro, metallo e pietra, ma non di rado vengono trattati anche oggetti in osso, ambra e persino frammenti di affreschi e mosaici.
Se necessario, il personale si reca anche sul campo per eseguire il trattamento primario dei reperti in loco, come il prelievo di urne dal sito della necropoli preistorica dietro la Porta Gemina, l'intelaiatura per la protezione fino al trattamento completo di mosaici e affreschi nel sito di Pola - via Kandler, o i lavori di conservazione e restauro sui due piloni della porta interna della città dietro la Porta Gemina.
Il Dipartimento esegue lavori anche per altre istituzioni museali.
