La Collezione della Storia Moderna è stata istituita nel 2010. Il Museo Archeologico dell'Istria, riconoscendo l'importanza del materiale che completa il quadro di un determinato periodo storico e fornisce preziose testimonianze sulle condizioni economiche, politiche e culturali della popolazione di un tempo, è diventato il primo tra i musei archeologici in Croazia a includere una Collezione della Storia Moderna.
Questa collezione contiene una varietà di oggetti in ceramica, vetro, metallo, osso e pietra, di carattere profano e sacro, come vasellame da tavola e da cucina, posate, formelle per stufe, oggetti per le attività quotidiane domestiche, il gioco, l'intrattenimento e il tempo libero, oggetti decorativi e di uso comune, stemmi, elementi architettonici, sculture e cippi confinari, oggetti devozionali, campane e un cannone. La maggior parte degli oggetti è stata rinvenuta durante le ricerche archeologiche nel territorio dell'Istria (Pola, Dvigrado, Dignano, Montona, ecc.), mentre una piccola parte della collezione è costituita da reperti casuali donati al museo (Raspo). I reperti sono conservati ed esposti presso il Museo Archeologico dell'Istria, nel convento di San Francesco a Pola, oppure sono prestati ad altre istituzioni per le esigenze di varie mostre. Questi reperti rappresentano prove inconfutabili della continuità della vita nel territorio istriano e arricchiscono la nostra comprensione dei periodi passati.
Dal ricco patrimonio di questa collezione si distinguono in particolare le stoviglie smaltate provenienti dai centri di produzione del nord Italia e della Spagna. Tra i materiali più significativi vi sono anche due sculture del gruppo dell'Annunciazione - opera della scuola di Pietro Lombardo, una scultura veneziana di San Giovanni Battista, medagliette votive provenienti da note mete di pellegrinaggio europee, come Loreto, Padova, Mariazell, Tersatto e Bistrica, e le campane dei maestri Belo, Vivencio e Salvatore.