La Collezione di archeologia subacquea del Museo archeologico dell'Istria è stata istituita nel 2015 con l'obiettivo di ricercare, proteggere e valorizzare i siti archeologici sottomarini nell'area dell'Istria.
La storia delle prime ricerche sottomarine in Istria risale al 1963, quando, su iniziativa dell'archeologo Štefan Mlakar, curatore del Museo archeologico dell'Istria, furono esplorati presso il promontorio di Salvore (Savudrija) i resti di un naufragio con un carico di anfore vinarie del I secolo a.C.
Con lo sviluppo delle immersioni autonome, a partire dalla metà degli anni Sessanta, attorno a Mlakar si riunirono sommozzatori militari e civili che parteciparono a ricerche organizzate dei fondali istriani. Sebbene Mlakar non fosse un subacqueo, era incaricato di condurre le ricerche sottomarine allo scopo di raccogliere reperti archeologici e dati sui siti sottomarini dell'Istria. Queste ricerche furono condotte fino alla metà degli anni Settanta, dopodiché seguì una lunga pausa.
Il Museo si impegna nuovamente attivamente nel 2007, quando conduce ricerche di tutela sulla villa romana sommersa vicino a Pomer. Nel 2011 inizia una collaborazione internazionale pluriennale con le università di Salento e Trieste per la ricerca del porto romano di Salvore (Savudrija), uno dei porti più importanti dell'Adriatico settentrionale. Conduce inoltre ricerche sui siti preistorici nella baia di Zambrattia, su palafitte dell'eneolitico, alle cui ricerche nel 2023 si unisce anche l'università di Berna, e su una nave cucita dell'età del bronzo, che rappresenta la più antica imbarcazione realizzata con la tecnica della cucitura nel Mediterraneo. La pluriennale collaborazione con il centro francese Camille Jullian (CNRS) ha portato sia alla ricerca che al recupero della nave a Zambrattia, e prima ancora di due navi romane cucite a Pola. Il ritrovamento di antiche navi cucite testimonia l'alto livello tecnologico della cantieristica navale in Istria e, di conseguenza, l'importanza della marineria, che indica il rilievo della navigazione lungo la costa dell'Adriatico settentrionale.
Il Museo conduce sistematicamente anche ricerche sulla salina romana nella baia di Bijeca presso Medolino, finora l'unica confermata sulla costa istriana, nonché lavori su numerosi altri siti sottomarini.
La fruttuosa collaborazione con i club e le associazioni della Federazione Subacquea della Regione Istriana contribuisce alle ricerche, alla conservazione e alla promozione del patrimonio archeologico sottomarino.